История возникновения кафедры относится к послевоенному периоду. 24 мая 1945 года на базе хирургического отделения городской больницы скорой помощи № 21 им. И.Г. Коняшина была образована кафедра факультетской хирургии № 2 Военно-морской медицинской академии. В 1950 г. кафедру переименовали в «кафедру хирургии для усовершенствования врачей» Военно-морской медицинской академии. 1 сентября 1956 г. после слияния Военно-морской медицинской академии с Военно-медицинской ордена Ленина академией им. С.М. Кирова кафедре было присвоено название «кафедры хирургии для усовершенствования врачей № 2», а с 1972 г. – «хирургии № 2 (для усовершенствования врачей). В 1990 г. название было изменено на «кафедру неотложной хирургии», в 1994 г. – на «кафедру хирургии (усовершенствования врачей с курсом неотложной хирургии)». С 2005 г. по настоящее время кафедра называется «2 кафедра (хирургии усовершенствования врачей)».
При основании кафедру возглавил доктор медицинских наук профессор генерал-майор медицинской службы Михаил Семёнович Лисицын (1981-1961). Под его руководством на кафедре изучались проблемы шока, операционной травмы, послеоперационных пневмоний. Основными направлениями научных изысканий 1950-70 годов под руководством профессора И.Д. Житнюка (1903-1976) были проблемы лечения ожоговой болезни, отсроченной хирургической обработки ран, профилактики и лечения перитонита, реконструктивных операций на желудке и кишечнике.
В 1970 году начальником кафедры назначен заслуженный деятель науки РСФСР лауреат Государственных премий и премии Совета Министров СССР доктор медицинских наук профессор генерал-майор медицинской службы Михаил Иванович ЛЫТКИН, который руководил кафедрой 7 лет. В этот период развивается углубленное изучение патогенеза и лечения разлитого перитонита, желудочно-кишечных кровотечений, перфоративных язв желудка и двенадцатиперстной кишки, портальной гипертензии. По инициативе профессора М.И. Лыткина на базе больницы № 21 им. И.Г. Коняшина был организован городской центр по лечению желудочно-кишечных кровотечений.
С 1977 по 1985 г. кафедрой руководил заслуженный деятель науки РФ член-корреспондент РАМН доктор медицинских наук профессор генерал-майор медицинской службы Игорь Александрович ЕРЮХИН. Под его руководством научно-исследовательская работа на кафедре была направлена на изучение патогенеза энтеральной недостаточности и эндотоксикоза при перитоните и острой кишечной непроходимости. Разрабатывались перспективные методы лечения энтеральной недостаточности путем дренирования желудочно-кишечного тракта и проведения этиотропной терапии, включающей кишечный диализ, энтеросорбцию и целенаправленную антибактериальную терапию. Внесен ряд предложений, позволивших улучшить результаты хирургического лечения кишечной непроходимости. Разработаны методы лечения осложненных язв двенадцатиперстной кишки посредством выполнения органосохраняющих операций.
С 1985 по 1998 гг. кафедрой руководил заслуженный деятель науки РФ доктор медицинских наук профессор генерал-майор медицинской службы Анатолий Алексеевич КУРЫГИН, которому в 1987 году присуждена Государственная премия СССР за разработку и внедрение в клиническую практику новых методов лечения язвы двенадцатиперстной кишки. В этот период сотрудниками кафедры продолжали разрабатываться вопросы неотложной абдоминальной хирургии: патогенез, диагностика и лечение перитонита, кишечной непроходимости, желудочно-кишечных кровотечений и других осложнений язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Ученые кафедры внесли заметный вклад в разработку способов хирургического лечения перфоративной язвы двенадцатиперстной кишки, стали широко применять при осложненных язвах двенадцатиперстной кишки ваготомию в сочетании с дренирующей желудок операцией. На современном научно-методическом уровне изучаются вопросы этиопатогенеза, диагностики, профилактики и хирургического лечения кист поджелудочной железы, хронического рецидивирующего фиброзного панкреатита и наружных панкреатических свищей. Патогенетически обоснованы новые виды органосохраняющих оперативных вмешательств, позволяющих предотвратить прогрессирование заболевания. Разработаны оригинальные методы дренирования тонкой кишки при перитоните и острой кишечной непроходимости. За 13 лет руководства профессора А.А. Курыгина на кафедре защищены 13 докторских и 37 кандидатских диссертаций.
С 1998 по 2002 гг. кафедру возглавлял заслуженный врач РФ доктор медицинских наук профессор полковник медицинской службы Юрий Михайлович СТОЙКО. Под его руководством получили развитие новые направления, связанные с герниологией и патологией кровеносных сосудов: остеоартериальная ишемия, окклюзирующие заболевания артерий нижних конечностей, хроническая венозная недостаточность нижних конечностей, тромбэмболические осложнения острых хирургических заболеваний органов брюшной полости. При нём на кафедре были защищены 4 кандидатские диссертации. После увольнения из рядов Вооруженных Сил профессор Ю.М. Стойко возглавил хирургическую службу Национального медико-хирургического центра им. Н.И. Пирогова, также является главным хирургом Центрального федерального округа.
С 2002 г. начальником кафедры является заслуженный врач РФ доктор медицинских наук профессор полковник медицинской службы Георгий Иванович Синенченко.
Весь профессорско-преподавательский состав кафедры имеет ученые степени, в том числе: доктора медицинских наук – 10 чел. (58,8%), кандидата медицинских наук – 7 чел. (41,2%). Ученые звания имеют 58,8% преподавателей: профессора – 5, доцента – 5. Педагогический стаж одиннадцати преподавателей (64,7%) превышает 10 лет. Почетные звания имеют 2 сотрудника.
